Kompetensi Keahlian yang ada di SMK Negeri 2 Bontang berdasarkan Keputusan Dirjen Pendidikan dan Menengah Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan Nomor : 06/D.D5/KK/2018 tentang Spektrum Keahlian Menengah Kejuruan terdiri dari 3 (tiga) Bidang Keahlian , 6 (enam) Program Keahlian dan 8 (delapan) Kompetensi Keahlian, adalah sebagai berikut :

1)     Bidang keahlian Kemaritiman, terdiri dari :

a)    Program keahlian Pelayaran Kapal Penangkap Ikan (Terakreditasi A), terdiri dari :
       1.  Kompetensi keahlian Nautika Kapal Penangkap Ikan (NKPI)
       2.  Kompetensi keahlian Teknika Kapal Penangkap Ikan  (TKPI),

b)    Program keahlian Pelayaran Kapal Niaga (Terakreditasi A), terdiri dari  :
       1.  Kompetensi keahlian Nautika Kapal Niaga (NKN)
       2.  Kompetensi keahlian Teknika Kapal Penangkap Ikan  (TKN)

c)    Program keahlian Perikanan Terakreditasi A)
       1.  Kompetensi keahlian Agribisnis Perikanan Air Tawar  (APAT)

d)    Program Pengolahan Hasil Perikanan(Terakreditasi A)
       1.  Kompetensi keahlian Agribisnis Pengolahan Hasil Perikanan (APHPi)