Pada tahun 2013, Mesjid di SMK Negeri 2 Bontang yang mulai dibangun dengan  bantuan dana Pemerintah Kota Bontang melalui Dinas Pendidikan kota Bontang, yang pada saat itu dipimpin oleh Drs. Dasuki, M.Si. Untuk memaksimalkan bangunan mesjid  berlantai 2 (dua) ini , maka bangunan  memiliki tersebut memiliki  dwi fungsi, yakni sebagai tempat ibadah di lantai atas dan perpustakaan di lantai bawah.

Pada tahun 2015,  mesjid seluas 225 m2 dengan daya tampung sekitar 150 orang jamaah ini telah selesai dibangun dan  diberi nama  Bahrul Ilmi , yang berarti Lautan Ilmu..  Mesjid Bahrul Ilmi diresmikan oleh Wakil Walikota Bontang, Basri Rase, tepatnya pada tanggal 15 November 2016 atau 15  Safar 1437 H

Diharapkan dengan adanya fasilitas Mesjid Bahrul Ilmi di SMK Negeri 2 Bontang yang merupakan SMK bidang  Kemaritiman dapat menjadi tempat menuntut ilmu yang tak berbatas seperti halnya lautan, serta mampu menyediakan fasilitas dan lingkungan yang mendukung terbentuknya warga sekolah khususnya taruna/taruni yang cerdas, berahlak mulia berdasarkan keimanan dan ketaqwaan kepada Allah SWT .