Kota Bontang memiliki wilayah laut sebesar 70,30 %, merupakan luas wilayah yang jauh lebih besar dibandingkan daratannya yang hanya sekitar 29,70%. Hal ini mendorong Walikota Bontang pada saat itu Bapak dr. Sofyan Hasdam, Sp.S, untuk mendirikan SMK Kelautan dan Perikanan sebagai salah satu upaya membangun sumber daya manusia dalam rangka memanfaatkan potensi laut kota Bontang. Berdasarkan alasan tersebut dibukalah jurusan Nautika Perikanan Laut (NPL) dan Teknologi Hasil Perikanan (THP) di SMK Negeri 1 Bontang pada tahun 2002, kemudian jurusan Budidaya Perikanan Laut (BPL) pada tahun 2007, sebagai cikal bakal SMK Kelautan dan Perikanan atau SMK Negeri 2 yang akan didirikan di Kota Bontang.

SMK Negeri 2 Bontang berdiri berdasarkan SK Walikota Nomor 6 Tahun 2007 tentang Penetapan Pendirian Sekolah Menengah Kejuruan pada tanggal 4 Januari 2007. Adapun pembangunan sarana fisik SMK Negeri 2 Bontang yang berlokasi di jalan Cumi-cumi Nomor 1 Kelurahan Tanjung laut Indah, Kecamatan Bontang Selatan ini dimulai pada tanggal 20 Juli 2007 dengan menggunakan dana APBD Propinsi Kalimantan Timur. Satu tahun kemudian, tepatnya pada tanggal 20 Januari 2008 sarana fisik SMK Negeri 2 Bontang yang terdiri dari gedung kantor dan 6 (enam) ruang kelas diresmikan oleh Menteri Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat, Bapak Ir. H. Aburizal Bakrie.

Dengan telah berdiri sendirinya SMK Negeri 2 Bontang pada tahun 2008, SMK Negeri 2, sekaligus membuka kompetensi keahlian baru, yaitu Teknika Kapal Penangkap Ikan. Berdasarkan Spektrum Kejuruan tahun 2008 maka kompetensi keahlian yang ada di SMK Negeri 2 adalah , yaitu kompetensi keahlian Nautika Kapal Penangkap Ikan (NPL/NKPI), kompetensi keahlian Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan (THP/TPHPi) dan kompetensi keahlian Agribisnis Perikanan (BPL/AP) dan kompetensi keahlian Teknika Kapal Penangkap Ikan (TKPI).

Seiring dengan ilmu pengetahuan dan teknologi yang semakin maju dan berkembang, serta untuk memenuhi kebutuhan/minat masyarakat akan peluang kerja yang ada maka pada tahun 2011 dibukalah kompetensi keahlian Teknik Komputer Jaringan (TKJ) dan Teknik Sepeda Motor (TSM). Pada akhir tahun 2011, sebagai lembaga yang berorientasi pada peningkatan mutu layanan pendidikan yang menerapkan Sistem Manajemen Mutu, SMK Negeri 2 Bontang memperoleh sertifikat SNI ISO 9001:2008 dari lembaga sertifikasi VEDCA-IQS.

Pada perkembangan selanjutnya masih dalam rangka mengembangkan potensi kota Bontang di bidang kelautan atau kemaritiman dibukalah kompetensi keahlian Nautika Kapal Niaga dan Teknika Kapal Niaga pada tahun 2012, sehingga jumlah kompetensi keahlian yang ada di SMK Negeri 2 Bontang saat ini terdiri dari 8 (delapan) kompetensi keahlian. Sebagai salah satu sekolah piloting yang melaksanakan kurikulum 2013, maka sesuai dengan struktur Kurikulum 2013 saat ini di SMK Negeri 2 Bontang terdiri dari 4 (empat) bidang keahlian, 6 (enam) program keahlian dan 8 (delapan) Kompetensi keahlian.